Toxicidad Directa: El amonio en concentraciones muy elevadas puede causar irritación de mucosas y trastornos digestivos. La OMS recomienda no superar los 0.5 mg/L en agua potable .

 Indicador de Riesgo: Su presencia puede señalar la coexistencia de patógenos (contaminación fecal) .

 Precursor de Nitritos/Nitratos: El amonio se oxida a nitrito y nitrato. Los nitritos en sangre pueden oxidar la hemoglobina a metahemoglobina, reduciendo el transporte de oxígeno (síndrome del bebé azul), especialmente peligroso en lactantes .